De inspecteur-generaal van de Inspectie Justitie en Veiligheid leidt de inspectie. Er zijn twee directies die onderzoeken verrichten: de directie Beschermen, Straffen en Handhaving en de directie Politie, Security en Crisisbeheersing. Die worden aangestuurd door één hoofdinspecteur-directeur. Daarnaast is er een directeur Strategie, Kwaliteit en Bedrijfsvoering die verantwoordelijk is voor de strategische en juridische advisering, communicatie, kwaliteitsmanagement en ondersteuning van de Inspectie JenV.